Zelo verodostojna preiskava za vsa prebavila je kolonoskopija, ki pa je za marsikoga zelo neprijetna. Nekateri so že rekli, da je ponižujoča. Z njo se odkrivajo patološke spremembe na črevesju, odkrivajo morebitne polipe, vnetja, krvavitve in tudi raka na debelem črevesju.
Zdravnik uporablja kolonoskop, sestavljen iz fleksibilne cevi s kamero na koncu. Vso notranjost črevesja vidi na monitorju ter spremlja črevo, medtem ko kolonoskop previdno potiska skozi danko. To je lahko za pacienta neprijetno, saj občuti napihnjenost in bolečino v trebuhu. Preiskavo izvajajo v lokalni anesteziji, pogosto pa uporabijo tudi sedacijo, kar pripomore, da pacient lažje prenaša nelagodje in bolečino. Za uspešno preiskavo kolonoskopija so zelo pomembne tudi priprave nanjo. Pacienti dobijo navodila za čiščenje črevesja z odvajali in upoštevajo tekočo dieto. Preiskava običajno traja 25–40 minut, odvisno tudi od sedacije. Ob prejemu le-te morajo po koncu preiskave še malo počakati, da sedacija popusti. Postopek omogoča takojšnje odstranjevanje polipov ali odvzem vzorcev za histološke preiskave. Pacient praviloma takoj po preiskavi prejme izvid. Pri pacientih z družinsko anamnezo raka je kolonoskopija možna tudi samoplačniško ali na napotnico. Tem osebam se priporočajo redne preiskave na nekaj let, saj je rak na debelem črevesju ob zgodnjem odkritju pogosto uspešno zdravljiv. Preiskavo priporočajo tudi vsem, starejšim od 50 let. Sama preiskava večinoma nima stranskih učinkov; redko se lahko pojavijo zapleti, kot sta perforacija ali krvavitev črevesja.
Sicer pa se izvajajo presejalni testi v okviru državnega presejalnega programa SVIT, kjer osebe določene starosti na dom prejmejo navodila in epruvetke za pošiljanje vzorcev blata na pregled. Tako odkrivajo osebe s predrakavimi spremembami na črevesju, ki jih je možno uspešno zdraviti. Prihodnost diagnostičnih tehnik se razvija v smeri, da bodo pregledi hitrejši in manj invazivni.